Dünya değişti. Dünya liderlerinin uzaylı güçlere karşı kayıtsız şartsız teslimiyetlerini açıklamalarının ve gezegenin son kalesi XCOM’un dağıtılmasının ardından 20 yıl geçti. Dünya’yı artık uzaylılar yönetmekte; bir yandan yüzeyde insanlara parlak bir gelecek vadeden büyük şehirler inşa ederlerken, diğer tarafta gizli amaçlarının peşinden koşmakta, bu yeni düzene karşı çıkan herkesi yok etmektedirler.